本局組織編制設有局長、2位副局長、總工程司及主任秘書，下設副總工程司、專門委員、專員、秘書、4個科(綜合規劃科、工務管理科、系統工程科、開發路權科)、5個室(資訊室、秘書室、會計室、人事室、政風室)。
業務執掌
綜合規劃科
大眾捷運及其他軌道運輸系統路網規劃、路線及場站規劃、土木建築之設計審查、環境影響評估、運輸系統整合、公共設施之配合規劃、營運規劃、財務規劃、人力規劃及培訓等事項。
工務管理科
有關大眾捷運及其他軌道運輸系統工程路線、場站及附屬設施之先期調查、土木、建築、景觀、水電環控、工程之發包、施工管理及興建營運合約之合約管理等事項。
系統工程科
有關大眾捷運及其他軌道運輸系統設備、月台門、號誌、通訊、電力、自動收費系統、電梯、電扶梯、機廠設施之規劃、設計、採購、安裝、測試、審查、驗收、運轉、維修等事項。
開發路權科
有關大眾捷運及其他軌道運輸系統用地取得、路權管理、土地開發、及開發合約之管理等事項。
資訊室
有關捷運資訊系統之整體規劃、協調、推動及提供軟（硬）體設施之管理、操作、維護與相關資訊服務等事項。
秘書室
關於研考、法規、文書、庶務、印信、出納、對外宣導、新聞連繫、公共服務、社會協調及其他不屬於各科室事項。
會計室
依法辦理歲計、會計及統計事項。
人事室
依法辦理人事管理事項。
政風室
依法辦理政風事項。
