本局組織編制設有局長、2位副局長、總工程司及主任秘書,下設副總工程司、專門委員、專員、秘書、4個科(綜合規劃科、工務管理科、系統工程科、開發路權科)、5個室(資訊室、秘書室、會計室、人事室、政風室)。
業務執掌
綜合規劃科
路網、場、站及附屬設施規劃;環境影響評估;新建捷運系統之營運規劃與運輸系統整合;捷運公司財務監督;時程規劃及管理;捷運系統禁建限建。
工務管理科
興建營運合約管理;捷運土建工程;輕軌土建工程;捷運系統禁限建會審列管。
系統工程科
捷運機電系統;輕軌機電系統。
開發路權科
用地取得;土地改良物查估補償及拆遷;路權管理;捷運用地都市計畫變更作業;土地開發;開發合約管理;連通許可;共構協議;輕軌增額容積;其他土地開發相關業務管理。
資訊室
資訊系統規劃、執行與管理;電腦及網路設備購置、管理與維護;資料庫管理與維護;官網建置與維護;技術文件管理;文書檔案管理。
秘書室
文書、印信、研考、出納、採購、財產、庶務等事項。
會計室
依法辦理歲計、會計並兼辦統計事項。
人事室
依法辦理人事管理事項。
政風室
依法辦理政風業務。